湖南省水利水電工程施工總承包資質的辦理流程包括以下步驟：

1. 工商營業執照：申請建筑資質，首先要注冊公司，到工商局辦理營業執照，登錄建委網站，注冊成為企業用戶。

2. 填寫信息、整理資料：每個資質都有不同的等級標準，申請之前準備好相關人員的資料。

3. 遞交資質申請：資料齊全之后全部打印出來，以法人代表的名義向區縣的建設行政主管部門提出申請，待同意之后，再上報至企業所在地的市住房和城鄉建設局。

4. 接受現場核查：市住房和城鄉建設局對申請資質的企業進行相關的核查，主要是對企業的人員、資產、工程業績、設備是否符合資質申請的相關規定，符合之后才會批準。

5. 上報至市建管處：按照企業所在地的管理原則向建筑業管理部門提交申請資料原件及復印件，初審合格之后上報至市建管處。

6. 進行公示：對申請材料進行審核，對市級核準范圍的進行公示，無異議后向省建管局進行備案等待取。

7. 取證書。

在辦理過程中，需要注意以下問題：

1. 符合條件的企業必須在法定時間內提交申請材料，否則將被視為放棄申請。

2. 在提交申請時必須提供真實的企業資訊，否則將被視為虛假申請。

3. 申請到特級資質的企業，必須具備更高素質的管理和服務能力，以應對更復雜、更大規模的項目施工任務。